| name | literature-review |
| description | 系統性文獻搜尋、篩選、下載、整理。觸發：文獻回顧、找論文、搜尋文獻、systematic review、literature search、PubMed、找文章、搜paper、review、reference、citation、引用、參考文獻、背景調查、background。 |
系統性文獻回顧
適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題
不適用：快速查一篇 → 直接 unified_search | 只需整理 → format_references
工具速查
pubmed-search MCP
| 類別 |
工具 |
說明 |
| 搜尋 |
unified_search |
主要文獻搜尋入口 |
|
generate_search_queries |
MeSH + 同義詞材料 |
|
parse_pico |
解析 PICO 臨床問題 |
|
read_session(action="pmids") |
取回 PMID + 去重 |
| 探索 |
find_related_articles / find_citing_articles / get_article_references |
引用網路 |
|
get_citation_metrics |
iCite RCR 排序 |
| 全文 |
get_fulltext(pmcid) |
取得 OA 全文 |
|
analyze_fulltext_access(pmids) |
確認 OA 狀態 |
| Session |
read_session(action="pmids") / get_session_log |
取回搜尋結果 |
| 匯出 |
prepare_export |
RIS/BibTeX |
asset-aware-mcp（全文解析）
| 類別 |
工具 |
說明 |
| 解析 |
ingest_documents(file_paths) |
PDF 結構化解析（雙引擎） |
|
parse_pdf_structure(file_path) |
Marker 高精度解析 |
| 狀態 |
get_job_status(job_id) |
追蹤非同步處理進度 |
| 瀏覽 |
inspect_document_manifest(doc_id) |
取得完整資產清單 |
|
list_section_tree(doc_id) |
文件章節結構 |
| 提取 |
get_section_content(doc_id, section_path) |
取得特定段落內容 |
|
fetch_document_asset(doc_id, asset_type, asset_id) |
取得圖表等資產 |
| 知識圖 |
consult_knowledge_graph(query) |
跨文獻 RAG 查詢 |
mdpaper 儲存文獻
| 方法 |
說明 |
save_reference_mcp(pmid) ✅ |
永遠優先 MCP-to-MCP 驗證 |
save_reference(article) ⚠️ |
FALLBACK 僅 API 不可用 |
工作流
- 環境準備 —
project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.md
- 搜尋策略 — 一般主題：
generate_search_queries(topic) → PICO 問題：parse_pico() → 並行 generate_search_queries() 各元素
- 並行搜尋 — 多組
unified_search() 同時呼叫 → read_session(action="pmids") → PMID/DOI 去重
- 評估擴展 — <20 篇
expand_search_queries() | 引用網路 find_citing/related/references | get_citation_metrics(sort_by="relative_citation_ratio")
- 篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→
save_reference_mcp(pmid)
- 全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻：
a.
analyze_fulltext_access(pmids) → 確認哪些有全文可取得
b. 有全文者：get_fulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingest_documents(file_paths) → get_job_status() → inspect_document_manifest() → get_section_content(doc_id, "Methods") / get_section_content(doc_id, "Results")
c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltext_ingested: false + 原因
d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表
e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據
- Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）：
a.
get_reference_for_analysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char）
b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含：
- 步驟 a 的完整全文內容
- 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落
- 指示 subagent 最後呼叫
save_reference_analysis(pmid, summary, methodology, key_findings, limitations, usage_sections, relevance_score)
c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysis_completed: true
d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysis_summary，不再重讀全文
e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）
- 匯出 —
format_references() + prepare_export(format="ris")
- 更新記憶 — 寫
.memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）
決策點
| 時機 |
選擇 |
| 建立專案 or 探索？ |
先探索熟悉文獻 |
| 關鍵字 or PICO？ |
比較性問題用 PICO |
| 結果數量 |
50-300 繼續，<20 擴展，>500 限縮 |
| 篩選方式 |
<30 逐篇，>30 用 RCR 排序 |